La calidad microbiológica de los alimentos es fundamental porque influye en su conservación, vida del producto y sobre todo, porque los microorganismos presentes en ellos, pueden ser causantes de enfermedades transmitidas por alimentos.
Microorganismos indicadores de calidad alimentaria son aquellos microorganismos que nos aportan información en gestión de calidad sobre la seguridad sanitaria del alimento, su grado de alteración, nivel de envejecimiento, proceso de elaboración, etc.
La detección en el laboratorio de los microorganismos patógenos puede ser muy complicada, muy lenta y muy costosa para determinaciones rutinarias. Además, es concluyente cuando se encuentra un microorganismo patógeno pero puede haber casos en que no se detecte por razones circunstanciales como el clima o la cantidad de individuos infectados que están contaminando, a pesar de que el manejo del alimento implique el riesgo de que el patógeno aparezca en cualquier momento. En todo caso, la investigación de microorganismos patógenos en alimentos no facilita un enfoque preventivo.
Por esas razones, las normas en materia de alimentos, generalmente establecen la calidad microbiológica en términos de microorganismos indicadores. Éstos son organismos (o grupos) que advierten oportunamente de un manejo inadecuado o contaminación que incrementan el riesgo de presencia de microorganismos patógenos en alimentos.
Su presencia en un número superior al aceptable puede indicar un procesado inadecuado, una mala manipulación, unas malas condiciones de almacenamiento, que se ha superado la fecha de caducidad o que ha sufrido algún tipo de contaminación durante el proceso de elaboración.
Los organismos indicadores más buscados en la industria de alimentos son:
Recuento aerobios mesófilos
Recuento anaerobios
Enterobacterias totales
Coliformes totales
Escherichia coli
Mohos y Levaduras
Clostridium sulfito reductores
Staphylococcus aureus
Las alteraciones ocasionadas por estos productos incluyen cambios en el sabor, el olor o la textura de los alimentos que provocan que estos pierdan su valor comercial y sus propiedades alimenticias, llegando en algunos casos a suponer un riesgo claro para la salud del consumidor por la generación de subproductos que pueden resultar tóxicos o alergénicos.